No Pastor Alemão de Linhagem Antiga permite e apresenta muitas mais cores do que no Pastor Alemão de beleza que tem o vermelho de capa preta tão típico e delineado da raça.

A panóplia de cores permitidas no standard da raça do Pastor Alemão de Linhagem antiga inclui:

Lobeiro bege, lobeiro castanho, lobeiro vermelho, lobeiro prateado. O lobeiro aparece com a base do pêlo assim como patas da cor definida (beje, castanho, prateado etc) e a ponta do pêlo preta fornecendo uma cor com aspecto mais de lobo, ou seja, um pêlo apresenta várias tonalidades. A cobertura da ponta do pêlo poderá ser maior ou menor dando aos cães uma tonalidade mais ou menos escura dentro da mesma variante de cor.

Bicolor beje, bicolor castanho, bicolor vermelho, bicolor prateado. O bicolor ao contrário do lobeiro, confere limites bem definidos de cor e os pêlos têm uma única cor, havendo coberturas mais ou menos extensas que podem levar o bicolor a parecer quase totalmente preto ou pelo contrário ter menos cobertura de preto dentro da mesma variante de cor. Normalmente os câes bicolores têm as 4 patas e as sobrancelhas com a máscara facial de uma determinada cor (bege, castanho, prateado etc) e o resto do corpo é totalmente preto.

Preto sólido, preto fumado. O Preto sólido é um cão únicamente e totalmente preto enquanto que o preto fumado terá certas zonas do corpo com nuances de cinzento como parte de trás das coxas, zona externa da cauda, por detrás das orelhas e região das omoplatas que poderão ser mais discretas ou mais acentuadas consoante a acumulação da cor.

Azul sólido, azul fumado, todas as variantes de bicolor com azul, todas as variantes de lobeiro com azul. O azul é uma diluição da cor preta e é uma cor considerada rara.